Dobrý den, existuje ještě bezchlórová chemie - desinfekce na bázi peroxidu vodíku někdy v kombinaci se stříbrem, ev. měďí apod.
Tuto variantu bych doporučil asi opravdu jako poslední možnost. Celková účinnost není tak jak u chloru.

Lze použít i UV lampy, ionizátory mědi a stříbra, ale to jsou již přístroje na desinfekci.

Co se týká hnědé vody, tak bývá problém asi v železu či v manganu.
Existují přípravky např. Clear Tab metal pro železitou tvrdost, clear Tab cal pro vápennou tvrdost, CTX 605 snižující celkovou tvrdost, také existují vločkovače - flockulanty na odstranění všech nerozpustných látek ve vodě (ionty kovů, org. nečistoty apod)